1616年，努尔哈赤建立后金，割据辽东；1618年，努尔哈赤发布"七大恨"告天，正式发动对明朝的战争，但他并没有能灭掉明朝。而是在几十年之后，在他的儿子皇太极和多尔衮等人的不懈努力下，最终清军才在顺治朝进驻中原。
1644年，清军入关、明朝灭亡以后，历史的走向已经大致可以预见了，那就是清朝政权逐步取代明朝政权，最终实现全国的统一。所以，要想稳固地统治以前明朝统治的这大片土地，清政府以愤恨的心理来治理天下就行不通了，如果做出挖掘前朝帝王陵寝的事，无疑不利于清政府的统治。
清朝吸取元朝对待汉族残暴统治的经验教训，形成一套较完善的对待汉族的政策。仿照明制，设立户、吏、礼、兵、刑、工各部，统一管理全国的民政、刑狱、军事等。仿照明制，设立内国史院、内秘书院、内弘文院，地方设置总督、巡抚和州县官。
清朝积极学习汲取汉族文化，对传统文化的汉文典翻译整理和编撰，八旗子弟接受汉文化教育。提倡"满汉一体"，对原明朝的宗室、官僚规定："各衙门官员，俱照旧录用"，对很多官员来说，换了朝代官位没丢。采用"以汉治汉"的办法，既能缓解满汉矛盾，协调彼此关系，又利于清朝的巩固，等等。
所以，从清朝入关后采取的一系列措施来看，清朝没有拆毁明朝十三陵也就不足为奇了。
不拆毁十三陵，能有效地缓解和消除满汉矛盾，不引起原明朝的各级官员、知识分子、士大夫阶层等对清朝更大的愤恨，通过时间延续，慢慢消除对清朝的敌意。
不拆毁十三陵，表明的是一种胸怀，一种接受汉族文化的态度，不但要承认明朝皇陵，对历代帝王也要承认，承认他们曾经是正统的帝王，对他们的陵墓也要采取保护态度，因为清朝也要成为被历史所承认的一个政权。
不拆毁十三陵，从大的方面来说，是保护历史文化遗产，从小的方面来说，也是为清朝留下一块历史模板，后来清朝皇陵都按明孝陵的规制和模式营建的。
清朝没有拆毁十三陵，还对其进行管理与保护，设置司香内使，作为各陵管理人员，设置陵户，负责陵墓的看护。《大清律》中对各种盗毁明皇陵的行为都有严格的惩治措施。所以，明十三陵如今能较为完整地保存下来，清朝统治者的功劳也是很大的，这一点值得我们后世肯定。